隨著食用菌產業的蓬勃發，食用菌廢料處理成為當下廣大菇農所面臨的首要問題。對這些食用菌廢料，廣大菇農不能做到科學的處理利用，隨意丟棄或堆放，不僅浪費資源，還造成霉菌和害蟲滋生，污染環境。
食用菌廢料又叫菌糠、菌渣、下腳料、廢菌筒，是栽培食用菌后的培養料，含有豐富的蛋白質及其它營養成份，在農業生產上具有較高的利用價值。
經過科研人員多年對食用菌廢料重復利用研究，得出結論，食用菌廢料可重復利用重新栽培食用菌。其主要用途分為以下幾個方面：
一，栽培了草菇、平菇、香菇、木耳、蘑菇等品種的廢料，只要菌絲生長較好，培養料未被雜菌污染，則可將其曬干整碎后添加30%到新原料中栽培雞腿菇，其效益相當可觀。此法既可降低生產成本，也可進一步提高原料的利用率。
二、菌糠在制種上的應用
菌糠用于雙孢菇菌種的生產，可提高菌種質量，節約成本。研究表明：菌糠是代替一部分麥粒制作雙孢菇菌種的好原料。
三、家畜家禽飼料
平菇、香菇、金針菇等木腐類真菌，種菇后廢料中含有較豐富的氨基酸，并且Fe、Ca、Zn、Mg等微量元素含量也很豐富，加之菌渣特有的蘑菇香味，使之具有較好的適口性。因此菌渣可作飼料使用。
四、食用菌廢料作肥料
對發霉的菌渣，不宜作二次栽培料和動物飼料，多用作農家肥料。食用菌廢料中富含有機物和多種礦質元素。其中N、P、K養分含量高于稻草和鮮糞。土壤中施用食用菌廢料后，可形成具有良好通氣蓄水能力的腐殖質。對改良土壤，提高土壤肥力具有重要意義。此外，食用菌菌絲體在生長過程中，分泌出某種激動素物質和特殊的酶，而這些酶可使復雜的有機物分解成易被植物吸收的營養物質。食用菌廢料深施在果園里，可改良土壤，提高水果品質，具體表現為增產增收的效果。食用菌廢料施在蔬菜上，可使蔬菜的抗旱力明顯增強，植株生長旺盛，外觀品質好。在花卉種植中，把種菇后廢料與肥土混和后堆積自然發酵，用作花卉苗圃、花盆的養花基肥，可改善土壤結構，提高通氣性及持水保水能力，使長出的花草枝繁葉茂，花量大，花色艷麗，并且成本極低。
