食用菌對pH的要求，除草菇喜堿性外，大多喜偏酸或中性的環境。而大多數病原菌喜中性或偏堿性的環境。
一、在制作菌種時，可添加適量的過磷酸鈣，將培養基調酸一點，既可抑制病菌的發生，又可為食用菌提供一定的磷素。
二、在菇床上如發現一些喜堿條件的病菌，如白色石膏霉、褐色石膏霉，可將過磷酸直接撒在發病料面上。
三、草菇播種后，培養料有由堿變酸的趨勢，根據草菇喜歡堿性環境的特性，可結合噴水和在每潮菇采收之后，用pH9的石灰水噴灑，以滿足草菇生長對pH的需要，同時又可抑制與草菇爭奪養分。
四、鬼傘類發生。因為鬼傘類喜歡酸性環境，在中性或微堿性環境則生長不良。一些在中性或微堿性環境液也能生長良好的菇類如蘑菇、平菇，栽培時所用的原料(稻草、棉籽殼等)可用1~2%石灰水調配，采菇后也可用石灰水(上清液)噴灑。
