一、金針菇母種的選擇：
金針菇的產量高低，與引進的母種質量好壞關系很大。正常母種的菌絲應該生長整齊，呈現淡白色或較濃白色，菌絲長滿后應該呈現白色，菌絲較纖細。在保存母種時應該在菌絲快要長滿時放入冰箱，不要待母種菌絲完全長滿后才低溫保存。若待母種菌絲完全長滿后才低溫保存，極易使母種在低溫環境下快速現蕾，導致母種失去使用價值。在擴繁母種時應該選用沒有現蕾的母種，如果母種現蕾，應該選用沒有開傘的小菇蕾，完全開傘的母種應該堅決棄之不用，否則可能引起金針菇產量的大幅度降低。
二、金針菇原種的消毒和滅菌：
金針菇的原種制作可以采用高壓滅菌和常壓滅菌。高壓滅菌一般采用高壓鍋，很多菇農在高壓滅菌方面存在認識上的誤區，認為壓力越高、滅菌時間越長越好。其實不然，高壓滅菌的關鍵在于鍋體內的冷空氣是否排盡。正確的做法是在加熱開始就將高壓鍋的放氣閥打開，待鍋內水沸熱氣大量從放氣閥排出時開始計時，小鍋維持10-15分鐘，較大鍋維持20-30分鐘，然后關閉放氣閥，待升到1.5個壓強時維持90分鐘即可達到要求。常壓滅菌是目前菇農普遍采用的方式，如果采用玻璃瓶制作菌種，滅菌的時間可以稍短，如果采用塑料袋制作菌種，并且常壓鍋內沒有隔層，那么滅菌的時間就應該適當延長，總的原則是時間寧長勿短。
三、金針菇菌種的鑒別：
原種的質量原種的質量好壞一般從菌絲上判斷，質量好的原種菌絲濃白，氣生菌絲明顯，打開后有明顯的蘑菇香味。若打開后有異味，菌絲黃白萎縮，應堅決棄之不用。在氣溫較低的季節，有的原種表面可能會有菇蕾，這類原種的質量沒有問題，可以繼續使用。如果用玉米粒作原種，在原種頂部及側面可能會出現爆花現象，經驗證明，這種原種一般是產量高而穩定的好原種，可以放心大膽地使用。四、金針菇菌種的分級及選擇：
母種是一級種，用母種繁殖的菌種是二級原種，再用二級原種繁殖的菌種稱之為三級生產種。經驗證明，用一級母種繁殖的二級原種直接接種生產金針菇，菌絲發育良好，成功率高，污染率低，后期的金針菇產量明顯高、質量明顯好。而用三級生產種接種生產金針菇，其各方面的表現都明顯不如前者。
原因：一是一級母種的純化程度很高，菌齡很短，一般10天左右即可長成，沒有隱性污染，不存在老化情況，用它接種的二級原種菌齡一致，再接種生產金針菇，效果自然很好；二是用二級原種再接種三級生產種時，如果挑選不嚴，極有可能選入帶有細菌等隱性污染的菌種，極有可能造成細菌性污染的擴大化，嚴重影響金針菇的產量。因此在這里建議廣大菇農采用二級原種接種生產的方式。
