一、溫度
從菌絲的生長來說，各種食用菌的菌絲皆在25℃上下時生長最好。溫度上升，菌絲生長雖快，但很虛弱，超過上限溫度，則菌絲休眠，甚至死亡。若溫度下降，菌絲生長雖強健，但十分緩慢，低于0℃，菌絲休眠。
從子實體的生長來說，可以分為兩種情況。第一種情況是對于高溫型菌來說。在自然界中，其子實體在夏季發生，即從6月到9月，例如草菇、黑木耳、銀耳、松口蘑和竹蓀等。其中草菇對溫度的要求最高，必須晝夜高溫，生長才好。第二種情況是對于低溫型菌來說。在自然界中，其子實體在秋、冬、春三季發生，即從10月到來年5月。例如香菇、蘑菇、平菇、猴頭和金針菇等。其中尤以香菇最耐寒，在雪下段木上生長的香菇，品質最為上等，其商品名叫“花菇”。
人工栽培時，高溫型菌類能在春、秋，利用溫室、大棚、中棚、小拱棚、溫床和陽畦等設施來栽培，延長其供應期。低溫型菌類則可以利用地道、山洞、地下室和半地下室等地方，在夏天進行生產。此外，人工制種時，也能定向選種和培育新品種，以適應不同的溫度。例如平菇就選出了高溫型、中溫型和低溫型的新品種，能抗熱和抗寒，使平菇在一年四季都可生產。在低溫型菌類中，例如香菇、蘑菇和平菇等，其菌絲體轉化為子實體原基時，都需要降低溫度，以促使原基的形成。凡具有這種性質的菌類，叫做變溫結實型菌。反之，有些高溫型菌，其菌絲體轉化為子實體原基，無需溫度變化，例如草菇、黑木耳和銀耳等，所以叫做恒溫結實型菌。
二、水分
菌絲在培養料里生長，以培養料含水為60%時最適宜。也就是在調制培養料時，每40公斤干料，加水60公斤，攪拌均勻。過1~2小時，使干料吃透水分，然后行簡單的測試。最常用的測試方法，是用手抓一把拌好的培養料用力緊握，以水從指縫中擠出，但不滴下來為最適宜。若有水滴下來，就表示水分過多，料中空氣就太少，菌絲不能生長，甚至腐爛。若擠不出水來，就證明水分不夠，菌絲太干，也不能生長。
三、空氣濕度和光線
食用菌要求陰濕的環境，較高的空氣濕度。菌絲生長時期，以空氣濕度為70%~85%為適宜。子實體生長時期，則以85%~95%為適宜。菌絲的生長，是靠分解現成的有機質養分，所以不用光線，在黑暗中就能進行。而子實體生長時，則要求有微弱的光線。尤其是在菌絲體轉變為子實體原基時，需要有光線的刺激。在眾多食用菌中，黑木耳要求光線最強，子實體原基的發生和開片生長都要求較強的光線。而蘑菇則不需光線，其原基的出現和子實體生長，都能在黑暗中進行。
四、空氣
菌絲分解有機質養分，實際上與動物一樣，是在不斷地進行呼吸作用，吸入氧氣而排出二氧化碳。如果菇房通風不良，氧氣供應不足，二氧化碳累積起來，一旦達到菇房內空氣的1%，就有抑制子實體生長的作用；一旦累積到5%，則子實體不發生，已發生的也不能生長。此外，培養料本身發酵，也產生二氧化碳、阿摩尼亞氣和硫化氫氣等，這些毒氣都能殺死菌絲。在自然界中，這些毒氣隨時散入大氣中，或被雨水沖洗，不會造成危害。人工栽培時，必須加強菇房的通風和消毒，隨時除去這些毒氣。
五、酸堿度
在自然界中，菌絲長期適應了其腐生物質的酸堿度，所以有一定的范圍要求。例如腐生在糞草上的，以中性偏堿為宜；腐生在林木上的，則以中性偏酸為宜。人工栽培時，可將培養料調節到中性，微酸和微堿都相宜。在菌絲分解有機質過程中，會不斷地產生酸性物質，例如二氧化碳和有機酸等，使培養料變酸。
在自然界中，這些酸性物質也隨時擴散到大氣中，或被雨水沖洗，使其酸堿度不變。但在人工栽培時，這些酸性物質容易累積在培養料中，使培養料的酸性增大。酸性越大，菌絲生長越不良，且病菌和其它雜菌發生也越多，從而導致菌絲無法生長。所以在調制培養料時，要多加石灰和石膏，將培養料預先調節到微堿性，以便中和菌絲生長期間產生的酸性物質，防止過度酸化。
