冬季是食用菌的主要出菇季節，管理不善容易出現一些問題，應采取措施預防。
菇蕾難以分化主要問題有二：第一，棚溫偏低，不適合幼蕾發育分化，可以通過提高棚溫解決。第二，藥物影響。有的菇農使用大量農藥拌料，發菌期間也噴灑農藥防止病害發生，結果使得菌袋內廢氣重，甚至抑制菌絲發生。處理方法：將料面破壞后，噴施6%石灰水溶液，每天2次，連噴2~3天，再次現蕾時即可正常管理。如果使用的藥物濃度較高，需采取石灰水浸泡菌袋的辦法予以解決。
幼菇生長速度慢主要是棚溫過低，或者所選菌株不適合低溫期栽培。處理方法：提高棚溫。第一，安裝大棚水溫空調器，溫度可隨意調節，即使選用了中高溫型菌株，也能正常出菇；第二，安裝土暖氣，注意煙囪要通暢，并保持足量的進風，以免棚內氧氣不足；第三，在棚內頂部設黑色塑料薄膜或高密度遮陽網，卷起草苫，棚內進熱但不進光，采用這種方法雨雪天氣無法增溫。
氣生菌絲旺盛主要原因是碳氮比失調、氮素過多。處理方法：對料面噴灑濃度為5%的石灰水，或者用石灰水浸泡菌袋，分解氮素，使之盡快達到可同化的水平，同時加強通風，使氣生菌絲盡快倒伏，紐結現蕾。以后注意調配基料營養，使之全面均衡，尤其要加入三維精素。另外，碳氮比失調還會造成厚菌皮。
不出菇主要原因除基料營養不均衡和碳氮比例失調以外，還有菌株的溫型不符合現階段溫度等原因。此外，基料中含有不明物質，尤其是農藥，會抑制菌絲發生，導致不出菇。處理方法參考上述使用石灰水進行處理。
子實體基部有“菌毛”有的是因為通氣不良、濕度較高，食用菌長出氣生菌絲；有的是真菌感染，前期表現為菌絲狀，溫度上升后發展為病害，如褐腐病等即為該種表現。處理方法：清理料面后噴灑“百病傻”400倍液，降低濕度，觀察1周不再發展即可轉為正常管理。
