香菇生產提倡無農藥栽培，因此防治香菇病蟲害提倡“以防為主，以治為輔”，把握“物理治理為主，化學治理為輔”的原則。
(1)嚴格把好菌種關
在確定生產用的優良品種以后，菌種是否被雜菌污染則是優質菌種最基本的條件。優質菌種可采用目測和培養的方法來確定。凡菌絲粗壯，打開瓶塞具特有香味，可視為優質菌種。有條件的，還應抽樣培養，同時還可檢查菌絲生活力。
(2)嚴格把好菌袋加工關
塑料袋應選擇厚薄均勻、無沙眼、彈性強、耐高溫和高壓的聚丙烯塑料袋。培養料切忌太濕，料水比掌握在1：1.1～1.2；裝料松緊適中，上下表內一致；兩端袋口應扎緊，并用火焰熨封；在高溫季節制菌袋時，可用1：800倍多菌靈溶液拌料，防治雜菌。
(3)嚴格把好滅菌關
常壓滅菌應使灶內溫度穩定在100℃，并持續8小時；鍋內菌袋排放時，中間要留有空隙，使蒸汽暢流，菌袋受熱均勻；要避免因補水或燒火等造成中途降溫；從拌料到滅菌必須在8小時內完成，從滅菌開始到灶溫上升到100℃不可超過5小時，以免料發酵變質。
(4)搞好環境衛生
使空氣中雜菌孢子的密度降到最低，是減少雜菌污染最積極有效的方法。裝瓶消毒冷卻，接種、培養室等場所做好日常清潔衛生。暴雨后要進行集中打掃。堅持每天在空中、地面用0.2%肥皂水或3%～4%石炭酸溶液，5%甲醛1:500倍液，50%的多菌靈溶液及526～20%石灰清水等交叉噴霧或噴灑。將廢棄物和污染物及時燒毀或浸入藥水缸，以防污染環境和空氣。
(5)嚴格無菌操作
接種室應嚴格消毒；做好接種前菌種預處理；接種過程中菌種瓶用酒精燈火焰封口；接種工具要堅持火焰消毒；菌種盡量保持整塊；接種時要避免人員走動和交談；及時清理接種室的廢物，保持室內清潔。
(6)科學安排接種季節
必須根據香菇菌絲生長和子實體發生對溫度的要求，科學安排接種季節。過早接種或遇夏秋高溫氣候，會明顯增加污染率，不利于菌絲生長；過遲接種，污染率雖然較低，但秋菇生長期縮短，影響產量。接種以日平均氣溫穩定在25℃左右時為最好。夏季氣溫偏高時，接種時間應安排在午夜至次日清晨。
(7)改善環境因子
雜菌發生快慢和輕重，在很大程度上取決于各種環境因子，特別是香菇栽培塊或菌筒上的霉菌發生時應通風換氣。溫度、濕度等環境因子有利于香菇生長發育時，香菇菌絲生活力旺盛、抗性強，雜菌就不易發生；反之，雜菌便會乘虛而入，迅速發生。因此，要盡可能創造適宜于香菇菌生長發育的環境條件。
