食用菌生產，每年均有大量的廢棄原料產生，特別是老產區和規模生產區。這些廢料如果不進行及時妥善的處理，將會給食用菌生產的發展來極大的隱患，輕則造成環境污染，影響以后種菇的產量和質量，重則導致病蟲害大量蔓延與危害，造成嚴重減產甚至絕收。 有很多種菇者在種菇結束后將廢料由菇房、場內清除，長期堆放在菇場四周任其腐爛；有的則傾倒在水塘、溪溝、湖泊之中長期浸泡，這些處理方法有百害而無一利?，F就如何處理與利用食用菌廢料談幾點意見：
1．再利用栽培雞腿菇。栽培了草菇、平菇、香菇、木耳、蘑菇等品種的廢料，只要菌絲生長較好，培養料未被雜菌污染，則可將其曬干整碎后添加30％到新原料中栽培雞腿菇，其效益相當可觀。此法既可降低生產成本，也可進一步提高原料的利用率。
2．加工成菌糠飼料。食用菌廢料中仍有大量的菌絲存在，而菌絲牛含有大量的蛋白質和多種氨基酸未被利用。將那些菌絲生長潔白，培養料未被污染的原料及時曬干后粉碎，添加10％左右到飼料中喂豬、雞等畜禽動物，同樣可取得降低養殖成本，提高效益的目的。
3．用作林果業、農作物、花卉種植的肥料。種菇后的各種原料是一種優質的有機菌肥。如在柑桔、蘋果、梨、葡萄等水果園內進行環狀抽槽，溝槽深50厘米，把食用菌廢料深施后掩埋，可起到改良果園土壤、提高水果品質、增產增收的效果。而且肥效持久，經濟實惠。也可用作棉花花蕾肥，紅薯、洋芋的基肥，顯著提高產量。在花卉種植中，把種菇后的廢料與肥土混合后堆積自然發酵，用來作為花卉苗圃、盆栽的養花基肥，對花卉的土壤結構，通氣性、保水持水能力等均有改善。長出的花草枝繁葉茂，花朵艷麗，且成本極低。
4．用作滅菌燃料。對凡屬袋栽的菌類品種，如平菇、香菇、木耳、金針菇、楊·樹菇、茶薪菇、銀耳、靈芝、猴頭等，將出菇后的廢菌筒曬干收藏，再用來作生產菌種和熟料栽培時的滅菌燃料，既節約了能源，又節省了生產投資，同時防止了環境污染。 5．用作菇棚的加溫燃料。在我國北方，冬春季節溫度低，種菇的塑料大棚不升溫很難出菇。但目前大多數升溫用的燃料是煤炭。用煤炭加溫不僅投資大，成本高，而且也是一種資源浪費。種菇者只需將升溫灶體結構稍加改變，改燒煤為燒食用菌廢料，每年可節約大量的燃料投資。
