食用菌的形態結構一般為真菌杏能，菌絲體和菌絲體的直徑為10～20pm，這種細絲叫做菌絲體，通常是圓柱形的，菌絲體由眾多的菌核組成，利用橫膈膜將食用菌菌絲體分為單核、雙核和多核，細胞結構，右旋糖酐、甘露糖和嬰兒血漿的成分，隨著人們對幾丁質的認識，食用菌主要由d半乳糖組成，擔子菌亞門真菌細胞壁兒丁質的主要成分是巖藻糖，細胞膜中含有表L，菌絲的構造菌絲的細胞結構為細胞壁、細胞膜、細胞質、細胞核，細胞壁的也是得越來越重要，不同的真菌其細胞壁的元了質朱同，字囊菌亞門真菌細胞壁幾丁質的主角甾醇，是目前研究防止真菌性疾病的靶點，大多數食用菌含有1～2個核，細胞內含有2個核的菌絲稱為雙核菌絲，細胞核菌絲細胞的生長是通過鎖狀連接結構實現的，鎖狀連接是雙核菌絲體分裂的形式，存在于香菇和黑木耳等擔子菌中。
它發生在兩個細胞核之間的細胞壁的一側，形成一組鉤狀突起，不斷向原細胞彎曲，b的兩個核中的一個進入鉤突部，此時，細胞的兩個核同時進行有絲分裂，形成A核和BB核，一個核B留在鉤突，另一個核B進入頂部，母核A分裂成A和A后，一個核A沿著新細胞生長的方向向上移動，與一個核B協調，突起向下彎曲，與菌絲接觸，細胞壁溶解，突起與菌絲連接原細胞，然后突出的b核進入原核的后半部分，并與原核a相鄰，然后，在細胞的中間和鉤突的對側，它們呈不同的形狀，這樣一個母細胞形成兩個雙核（異核）子細胞，細胞核為a和b，在兩個細胞的橫膈膜處，仍有下一個明顯的突起，即鎖骨突起，食用菌的主體，它的主要功能是分解矩陣和矩陣，營養素的攝入。
一些食用菌菌絲體形成特殊的組織和器官，即當菌絲體在生長發育過程中遇到不利的環境而進行繁殖時，它們往往緊密結合，形成一些特殊的變形結構，如菌絲束、菌索、scle等，輪菌、菌根真菌、菌膜等菌絲束較大，菌絲體平行排列，形成白色、粗糙、微分枝的束狀組織，鮑魚蘑菇的白色粗絲束，代表著基質菌絲體中營養物質和水分的及時、有力的運輸，是生產管理中值得注意的指標，由緊密交織的菌絲體形成的一層膜，例如香菇三級品系或栽培塊表面有一層菌膜，初期為白色，后期為褐色，變色過程是經驗豐富的菇農判斷栽培過程的重要步驟，木本科栽培的各種食用菌的老樹皮木質部通常形成一層菌膜，菌核是由一些食用菌形成的，在長期發育的某一階段或在惡劣的環境條件下，它會扭曲在一起，形成一種緊密的假薄壁組織，形成球形、塊狀或顆粒狀組織，即菌核。
菌核的內部結構可分為皮層和髓質兩層，典型的菌核是硬的，皮質是凹凸不平的。菌絲體緊密扭曲，殼質，多數為棕色至黑褐色，細胞小，細胞壁厚，髓質為白色或粉紅色，髓質通常含有較多的營養物質，細胞壁較薄，類似于植物的薄壁組織，菌核在許多子囊菌和擔子菌中形成，是食用菌的休眠類群，當環境適宜時，可萌發為營養菌絲體或子實體，例如，茯苓、荔灣、麥角菌和豬苓的藥用部位就是它們的菌核，在-30℃的嚴冬中，地下馬鈴薯大小的菌核能夠順利越冬，菌核能夠抵御高溫、低溫、干旱等不利條件，一些食用菌的菌絲體常纏繞成鞋帶狀或繩狀結構，稱為菌類，顏色為白色、棕色或深棕色，厚度不長不短。
首先，通常有分枝，它們以網狀或根狀的形式相互連接，例如蜜環菌有根際真菌，從根際真菌的橫切面來看，其內部結構可分為皮層和髓質兩層，皮層是由幾層厚壁的小暗細胞組成的致密細絲，髓質由薄壁菌絲細胞組成，真菌索的表面通常是角化的，在不利的環境中可以保持休眠，當條件適宜時，可從生長點恢復生長，發育到一定階段形成子實體，營養菌絲常生長在子實體內或子實體上方，也是繁殖體的一部分，有柱狀、棒狀、頭狀等，如冬蟲夏草。
