香菇菌棒腐爛，根本原因是競爭性雜菌入侵感染，故一切誘發雜菌入侵感染的因素都會導致菌棒腐爛。那么，應該如何防止香菇菌棒腐爛呢？
1、選用優良品種
選用優良品種，對退化品種進行提純復壯。
2、合理布局品種
依照當地的氣候特點，選擇適宜的品種。搞好栽培場地和環境的衛生，上年度廢菌棒要及時清理；老菇場要噴灑殺菌殺蟲劑，減少雜菌污染源，降低蟲口密度。
3、嚴格控制消毒藥品的用量
目前市面上消毒藥品含有的有效成分都是相同的，用量以每立方米3～4克為佳，切勿超過6克。接種口用蠟或膠帶封口，杜絕蟲、菌從接種口入侵菌棒。刺孔通氣要規范操作，鐵釘直徑要小于2毫米，孔深1～1.5厘米，選晴天刺孔，不在瘤狀物處刺孔。
4、合理治蟲防病
選用高效、無副作用、無毒、藥效長的菇類專用殺蟲劑“菇蟲凈”，在第一次刺孔后噴灑一次，隔兩個月后再噴一次，就能有效地防治蟲害，切不可使用敵敵畏等。
5、及時將爛棒揀出
發現菌棒腐爛，要及時將爛棒揀出另行堆放，以免交互感染。用干凈刀片切除腐爛部分，用克霉靈等殺菌劑擦洗病斑切口處和薄膜，然后將薄膜覆回，用膠帶封死，防止失水和蟲、菌再次入侵。這一操作最好在無菌條件下完成。在發菌初期開始爛棒的，應果斷進行再次菌棒，消毒接種（重做）。
